En 1983 el pastor Witt inicia en Durango, México, el proyecto "Juventud", con el cual cientos de jóvenes abrazan el cristianismo, a través de películas, eventos y conciertos cristianos. A raíz de esto, recibe muchísimas invitaciones para ministrar en diferentes ciudades mexicanas.

En 1986 suceden dos grandes acontecimientos en la vida de Marcos, se realizan sus bodas con Miriam Lee, nacida en 1963, en Wisconsin, EE.UU., y lanza Canción a Dios, su primer álbum de música cristiana.

En abril de 1987 Witt funda CanZion Producciones, una empresa productora de música en español, que se dedica a servir al pueblo cristiano y a apoyar a nuevos talentos.

En 1994 inaugura el Instituto CanZion, institución formadora de líderes, y centro educativo musical y ministerial, el que en la actualidad tiene miles de estudiantes, en sus 79 planteles de 14 diferentes países, que se ubican en Estados Unidos, Latino América, Europa y África.

A partir del año 2000 y hasta la actualidad, realiza seminarios y conferencias sobre temas de liderazgo, como parte del programa LIDERE, empresa del Grupo CanZion que se dedica a formar líderes.

El 15 de setiembre de 2002 Marcos Witt es nombrado, pastor principal de la comunidad hispana de Lakewood Church, en Houston, Texas, congregación que en sus servicios dominicales, suele reunir a más de 6,000 creyentes. Luego de pastorear esta iglesia por espacio de 10 años, en el año 2012, Marcos Witt se retira de la iglesia Lakewood Church y le deja el pastorado a Danilo Montero.

En el año 2013, el salmista sufre un accidente, por el que se rompe los dos tobillos y queda incapacitado temporalmente. Es también en esta etapa de su vida que se queda casi sin voz. Luego de su recuperación, lanza su sencillo "Es Jesús", canción que expresa el sentir de Witt, a raíz del accidente.

En junio del 2014, luego de varios años de no lanzar un álbum de estudio, Marcos Witt da a conocer su producción Sigues siendo Dios, conformada por 12 canciones inéditas, en las que resaltan los sonidos electrónicos.

Este álbum es nominado en la categoría "Álbum cristiano del año, de los Latin Grammy 2014. El tema electro pop cristiano "Alabemos" incluido en este disco, resulta ganador de los Premios Arpa 2014, en la categoría "Canción del año".

En julio del 2014 lanza su décimo libro en español, titulado Los 8 hábitos de los mejores líderes. En el área de literatura figuran en su haber 10 libros en español y dos en inglés.

En el 2016 el salmista se hizo acreedor de cinco de los Premios Arpa en su XII edición, por su álbum en vivo Sigues siendo Dios en vivo desde Argentina.